Merci Arthur pour ton aide.

Il semble que compiler php5.3 sous Debian 9 soit une mission quasi impossible. https://www.howtoforge.com/community/threads/the-perfect-server-debian-9-stretch-add-php-5-3.77549/page-2

Je vais plutôt essayer d'adapter mon vieux site à php5.6 que j'ai pu compiler et auquel il ne manque plus que GD. J'ai fait un autre discussion pour ça

Oui effectivement, il faut indiquer le répertoire où est installé MySQL, or /usr/bin/mysql, c'est l'exécutable donc mon conseil précédent était mauvais.

Le .configure cherche le fichier "mysql.h" essaye de regarde dans quel répertoire il est sur ton serveur.
[code]find / -name mysql.h[/code]

Le message obtenu sur ./configure est:
[code]configure: error: Cannot find MySQL header files under /usr/bin/mysql.
Note that the MySQL client library is not bundled anymore![/code]

Le message d'erreur que tu as posté dans ton premier post indique :
[quote]configure: error: Cannot find MySQL header files under /usr/lib/mysql.[/quote]
Soit qu'il n'arrive pas à trouver MySQL dans /usr/lib/mysql

Vu ton dernier message, en indiquant /usr/bin/mysql ça devrait passer. A minima, tu ne devrai pas avoir le même message d'erreur.
Quel message d'erreur obtiens-tu ?

Je ne dois pas comprendre le fonctionnement des liens entre PHP et les librairies. J'ai deux versions de php: 5.6 et 5.3, sans parler de la version 7.0 installée par défaut.

Je suppose que j'ai bien un mysql installé puisque php5.6 que j'ai compilé fonctionne et se connecte à mysql.
Pour cette version de php5.6 je n'ai pas eu besoin d'indiquer où se trouvait mysql, le configure contenait --with-mysql sans plus de précision et je suppose qu'il est allé chercher la librairie mysql qu'il lui fallait où elle se trouvait.

Pour la version 5.3 qui génère l'erreur précisée plus haut, au ./configure, --with-mysql ou --with-mysql=/usr/bin/mysql donnent la même erreur.

Alors comment savoir si j'ai "installé mysql" ?

A quoi correspond whereis mysql par rapport aux différentes versions de PHP ?:
[code]root@ns1:/usr/local/src/php5-build/php-5.3.29# whereis mysql
mysql: /usr/bin/mysql /etc/mysql /usr/share/mysql /usr/share/man/man1/mysql.1.gz[/code]

Relis ma question :
1) As tu bien installé MySQL ?
2) Est-il bien dans le répertoire que tu as indiqué ?

C'est ce que j'ai fait. Regarde bien le configure:
--with-mysql=/usr/lib/mysql \

Tu as installé MySQL ?
Si oui et qu'il n'est pas dans /usr/lib/mysql, alors il faut que tu indiques le bon chemin dans ton configure, par exemple :
[code]--with-mysql=/usr/local/mysql[/code]

Je souhaite installer php 5.3-fpm sur Debian 9 / ispconfig 3.1.13 en m'inspirant de ce tutoriel https://www.howtoforge.com/tutorial/how-to-install-php-7-on-debian/ et de celui-ci https://askubuntu.com/questions/462673/installing-php-5-3-in-ubuntu-14-04
Mais le configure échoue:
[code]./configure \
--prefix=/opt/php-5.3.22 \
--with-pdo-pgsql \
--with-zlib-dir \
--with-freetype-dir \
--enable-mbstring \
--with-libxml-dir=/usr \
--enable-soap \
--enable-calendar \
--with-curl \
--with-mcrypt \
--with-zlib \
--with-gd \
--with-pgsql \
--disable-rpath \
--enable-inline-optimization \
--with-bz2 \
--with-zlib \
--enable-sockets \
--enable-sysvsem \
--enable-sysvshm \
--enable-pcntl \
--enable-mbregex \
--enable-exif \
--enable-bcmath \
--with-mhash \
--enable-zip \
--with-pcre-regex \
--with-mysql=/usr/lib/mysql \
--with-pdo-mysql \
--with-mysqli \
--with-jpeg-dir=/usr \
--with-png-dir=/usr \
--enable-gd-native-ttf \
--with-openssl \
--with-fpm-user=www-data \
--with-fpm-group=www-data \
--with-libdir=/lib/x86_64-linux-gnu \
--enable-ftp \
--with-imap \
--with-imap-ssl \
--with-kerberos \
--with-gettext \
--with-xmlrpc \
--with-xsl \
--enable-fpm
...
configure: error: Cannot find MySQL header files under /usr/lib/mysql.
Note that the MySQL client library is not bundled anymore!

[/code]

Des idées ?