//      replacer "return nl2br($content);" par :

        $content = nl2br($content);
        $content = preg_replace('#(<pre name=.*</pre>)#se', "str_replace('<br />', '', '$1')", $content);
        return $content;

Le plus simple serait que tu formate ces lignes en questions pour qu'elles s'affichent correctement avec nl2br.

<?php function parseZCode($content) {
	// Parsage des balises
	$zcode = array(  
		'`<couleur_rouge>(.+)</couleur_rouge>`isU',
		'`<couleur_bleu>(.+)</couleur_bleu>`isU',
		'`<couleur_vert>(.+)</couleur_vert>`isU',
		'`<couleur_turquoise>(.+)</couleur_turquoise>`isU',
		'`<code_php>(.+)</code_php>`isU', 
		'`<code_html>(.+)</code_html>`isU', 
		'`<code_css>(.+)</code_css>`isU', 
		'`<code_js>(.+)</code_js>`isU', 
		'`<italique>(.+)</italique>`isU',  
		'`<gras>(.+)</gras>`isU',
		'`<barre>(.+)</barre>`isU',
		'`<lien>(.+)</lien>`isU',
		'`<lien url="(.+)">(.+)</lien>`isU',
		'`<image>(.+)</image>`isU',
		'`<citation>(.+)</citation>`isU',
		'`<citation nom="(.+)">(.+)</citation>`isU',
		'`<citation lien="(.+)">(.+)</citation>`isU',
		'`<taille valeur="(.+)">(.+)</taille>`isU'
	);  
	
	$html = array(  
		'<font color="#BF0B0B">$1</font>', 
		'<font color="#0B3BBF">$1</font>', 
		'<font color="#0A7D12">$1</font>', 
		'<font color="#269CA9">$1</font>',  
		'<pre name="code" class="php">$1</pre>', 
		'<pre name="code" class="html">$1</pre>', 
		'<pre name="code" class="css">$1</pre>', 
		'<pre name="code" class="js">$1</pre>',  
		'<em>$1</em>',  
		'<strong>$1</strong>',
		'<del>$1</del>', 
		'<a href="$1">$1</a>',
		'<a href="$1">$2</a>',
		'<img src="$1" alt="Image utilisateur" />',
		'<br /><span class="citation">Citation</span><div class="citation2">$1</div>',
		'<br /><span class="citation">Citation : $1</span><div class="citation2">$2</div>',
		'<br /><span class="citation"><a href="$1">Citation</a></span><div class="citation2">$2</div>',
		'<span class="$1">$2</span>'
	); 
	$content = htmlspecialchars($content);
	$content = preg_replace($zcode, $html, $content);
	
	// parsage des smilies
	$smiliesName = array(' :bleuh: ', ' :clin: ', ' :colere: ', ' :content: ', ' :euh: ', ' :g_s: ', ' :hein: ', ' :lol: ', ' :oh: ', ' :sourire: ', ' :triste: ', ' :zut: ');
	$smiliesUrl  = array( 'bleuh.jpg', 'clin.jpg', 'colere.jpg', 'content.jpg', 'euh.gif', 'g_s.jpg', 'hein.jpg', 'lol.gif', 'oh.jpg', 'sourire.jpg', 'triste.jpg', 'zut.jpg',);
	$smiliesPath = "http://pause-montage.host56.com/smilies/";
	
	for ($i = 0, $c = count($smiliesName); $i < $c; $i++) {
		$content = preg_replace('`' . $smiliesName[$i] . '`isU', '<img src="' . $smiliesPath . $smiliesUrl[$i] . '" alt="smiley" />', $content);
	}
	
	// Rtours à la ligne
	$content = $content; 
	
	return nl2br($content);

}
echo parseZCode($donnees['mess']); 
}
else{
echo "<b><font color=\"red\">Erreur 404</font></b>";
}?>

'<pre name="code" class="php">$1</pre>', 
'<pre name="code" class="html">$1</pre>', 
'<pre name="code" class="css">$1</pre>', 
'<pre name="code" class="js">$1</pre>',