Ce qui serait plus propre aussi c'est d'utiliser une boucle foreach() plutôt que d'associer une condition isSet dans une boucle for()... :/

$i=0;
foreach ($contenu as $nomDossier)
{
	$decoupe = explode("request", $nomDossier);
	$num[$i] = $decoupe[2];
	$i++;
}

//--------------------------------------
// Création de l'arborescence temporaire
//--------------------------------------

$contenu = glob("neomapper/requests/request*"); //Liste des dossiers du répertoire commençant par "request"
//On récupère les numéros de tous les dossiers
for ($i=0; isset($contenu[$i]); $i++)
{
	$decoupe = explode("request", $contenu[$i]);
	$num[$i] = $decoupe[2];
}
if (isset($decoupe[2])) //Si ce n'est pas le premier dossier
{
	rsort($num); //On trie les numéros par ordre décroissant
	$suffixe = $num[0] + 1; //On rajoute 1 au plus grand numéro
}
else
{
	$suffixe = 1;
}
$chemin = "neomapper/requests/request" . $suffixe; //Chemin du dossier à créer

	
//--------------------------------------
// Création de l'arborescence temporaire
//--------------------------------------

$contenu = scandir("neomapper/requests"); //Liste des dossiers du répertoire

//On récupère les numéros de tous les dossiers
for ($i=0; isset($contenu[$i]); $i++)
{
	$decoupe = explode("request", $contenu[$i]);
	if ($decoupe[0] != '.' && $decoupe[0] != '..')
	{
		$num[$i] = $decoupe[1];
	}
}

if (isset($decoupe[1])) //Si ce n'est pas le premier dossier
{
	rsort($num); //On trie les numéros par ordre décroissant
	$suffixe = $num[0] + 1; //On rajoute 1 au plus grand numéro
}
else
{
	$suffixe = 1;
}

$chemin = "neomapper/requests/request" . $suffixe; //Chemin du dossier à créer

			//--------------------------------------
			// Création de l'arborescence temporaire
			//--------------------------------------
			
			$contenu = scandir("neomapper/requests", 1); //Liste des dossier du répertoire par ordre décroissant
			$decoupe = explode("request", $contenu[0]); //Numéro du dernier dossier
			if (isset($decoupe[1])) //Si ce n'est pas le premier, on lui rajoute 1
			{
				$suffixe = $decoupe[1] + 1;
			}
			else
			{
				$suffixe = 1;
			}
			$chemin = "neomapper/requests/request" . $suffixe; //Chemin du dossier à créer
			if(!file_exists($chemin))
			{
				mkdir($chemin);
				if(file_exists($chemin))
				{
					mkdir($chemin ."/data_ext");
					mkdir($chemin ."/kmlmodelfiles");
					mkdir($chemin ."/kmz");
					mkdir($chemin ."/log");