t'as testé (juste pour IE) : document.documentElement.clientHeight ?

var windowHeight = Prototype.Browser.IE ? document.documentElement.clientHeight : window.innerHeight;

function updateClock() {
	var currentTime = new Date();
	var systemTime = new Ajax.Request('./system_time.php', {onSuccess: function(response) {
		currentTime.setTime(response);
	}});
	var days = {0: 'Dimanche', 1: 'Lundi', 2: 'Mardi', 3: 'Mercredi', 4: 'Jeudi', 5: 'Vendredi', 6: 'Samedi'};
	var months = {0: 'Janvier', 1: 'Février', 2: 'Mars', 3: 'Avril', 4: 'Mai', 5: 'Juin', 6: 'Juillet', 7: 'Aout', 8:'Septembre', 9:'Octobre', 10: 'Novembre', 11: 'Décembre'};
	var timeData = {'hour': (currentTime.getHours() < 10 ? '0' + currentTime.getHours() : currentTime.getHours()) + ':' + (currentTime.getMinutes() < 10 ? '0' + currentTime.getMinutes() : currentTime.getMinutes()), 'date': days[currentTime.getDay()] + ' ' + (currentTime.getDate() < 10 ? '0' + currentTime.getDate() : currentTime.getDate()) + ' ' + months[currentTime.getMonth()] + ' ' + currentTime.getFullYear()};
	$('time').update(timeData.hour);
	$('date').update(timeData.date);
}

function resizeDesktop() {
	//resizing #desktop
	//getting window total height
	var windowHeight = window.innerHeight;
	//getting other elements
	var blockElements = $$('body > div[class~="block-element"]');
	var totalHeight = 0;
	blockElements.each(function(el){
		alert(el.id + ':' + el.clientHeight);
		totalHeight = parseInt(totalHeight) + parseInt(el.clientHeight);
	});
	var desktopHeight = windowHeight-totalHeight;
	$('desktop').setStyle({height: desktopHeight + 'px'});
	
	//resizing #appsbar div.apps-list width
	var windowWidth = window.innerWidth;
	var appsListElements = $$('div#appsbar div.apps-list');
}

//What to do on window loading ?
Event.observe(window, 'load', function() {
	//syncronizing with server time
	updateClock();
	//we update clock every minute
	new PeriodicalExecuter(updateClock, 60);
	resizeDesktop();
});

//what to do on window resizing ?
Event.observe(window, 'resize', function() {
	resizeDesktop();
});

var windowHeight = window.innerHeight;

Parceque côté jQuery, y'a vraiment largement de quoi faire.

Au départ, j'utilisais JQuery, puis prototype m'a bluffé avec son système de selecteurs css, donc je me suis tournée vers cette librairie.

Je m'interroge là : qu'as tu trouvé dans prototype qui ne soit pas dans jQuery au niveau des sélecteurs CSS ?

Perso je rêve tous les jours que les browsers les plus courants implémentent les sélecteurs CSS aussi bien que le fait jQuery...

Au départ, j'utilisais JQuery, puis prototype m'a bluffé avec son système de selecteurs css, donc je me suis tournée vers cette librairie.