// transforme la chaine de caractère en tableau avec pour séparateur le '.'
$array = explode( '.', $_POST['tel'] );

// transforme le tableau en chaine de caractère en les collant avec '' (rien)
$result = implode( '', $array );

$carac_suppr = array( ' ', '.', '@' );

foreach( $carac_suppr as $value )
{
    $array = explode( $value, $_POST['telephone'] );
    $_POST['telephone'] = implode( '', $array );
}

Exemple: je tape 0100000000 mais dans ma base ça sera 01 00 00 00 00

<?php

$numero = '01.00.00.00.00';  // ou ce que tu veux comme séparateur

echo preg_replace('/[^\d]/', '', $numero);

?>

Et deuxième chose comment convertir les numéros déjà enregistres dans la base...?

Pour traiter ton cas il faut que tu n'ai qu'un seul format dans ta base de données.
Donc il te faut convertir ceux qui ne sont pas dans le format que tu veux utiliser avant de penser à faire un script de recherche.

if($_GET['type_recherche'] = "telephone") {
$tel = array(" ", "-", ".", "");
$replace = array(" "," "," ","");
$recherche = str_replace($tel, $replace, $_GET['recherche']);
}