Tu pux partir de ce cpde (qui développe ma première réponse):

<?PHP
$anciens = array("AEGIS", "BIDULOS");
$nouveaux  = array("Aegis", "Bidulos");
 $fp = fopen("new2.csv", "w+");
if (($handle = fopen("truc.csv", "r")) !== FALSE) 
{
     while (($ligne = fgetcsv($handle, 10000, ";")) !== FALSE) 
	{
	     $nouvelle_ligne = array();
	    $nouvelle_ligne = str_replace($anciens, $nouveaux, $ligne); //en modifiant cette ligne
                 fputcsv($fp, $nouvelle_ligne , ";");
      }
}
     fclose($handle);

?>

<?PHP
$anciens = array("AEGIS", "BIDULOS");
$nouveaux  = array("Aegis", "Bidulos");
 $fp = fopen("new2.csv", "w+");
if (($handle = fopen("truc.csv", "r")) !== FALSE) 
{
     while (($ligne = fgetcsv($handle, 10000, ";")) !== FALSE) 
	{
	     $nouvelle_ligne = array();
	    $nouvelle_ligne = str_replace($anciens, $nouveaux, $ligne); //en modifiant cette ligne
                 fputcsv($fp, $nouvelle_ligne , ";");
      }
}
     fclose($handle);

?>

<?php
<?php
$source = new SplFileObject('source.csv','r');
$source->setFlags(SplFileObject::READ_CSV);
$source->setCsvControl(';', '"', '"');
$cible = new SplFileObject('cible.csv','w');
foreach($source as $line){
    print_r($line);
    // modification de la ligne avec x règles de gestions le tout fait pas une fonction 
    $line = csvrule($line);
    $cible->fputcsv($line,',');
}

salut,

le plus simple c'est d'utiliser la fonction file (attention a la taille du fichier quand même).
dans ce cas un simple remplace sur la ligne (bien sur un faut faire attention au séparateur de champ et sauf de ligne) suffit.

pour mettre le contenu du tableau dans le fichier file_put_contents + implode

sinon pour ton code :
- tu ouvre le fichier destination à chaque ligne d'origine sans fermer ça doit pas être jolie en mémoire, voir même cela peux apporter des conflit (qui te posent peux ête problème ici.
tu n'ajoute pas de saut de saut
il faut ouvrir la ressource pour le fichier source, ouvrir celle du fichier cible et ensuite les utiliser.

je ferais quelque chose dans ce goût la

<?php
define('DEBUG', true);
$cible = fopen('fichiercible.csv', 'a');
flock($cible, LOCK_EX);
if (($source = fopen("STRAX2014.csv", "r")) !== false) {
    while (($data = fgetcsv($source, 10000, ";")) !== false) {
        $final = [];
        foreach ($data as $i => $value) {
            if ($value == "AEGIS") {
                $final[$i] = "Aegis";
            }else {
                $final[$i] = $value;
            }
            // histoire de pas polluer l'affichage si pas besoin
            if (DEBUG) {
                echo $data[$i] . "<br />\n";
            }
        }
        // insertion dans le nouveau fichier
        fputcsv($fp, $final);
    }
    fclose($source);
}

flock($cible, LOCK_UN);
fclose($cible);
 

Après il faut voir la taille des fichiers qui seront traité parce que je pense que l'on peux faire beaucoup plus simple

<?php
$source = 'STRAX2014.csv';
$cible = 'lefichierfinal.csv';
$content = file_get_contents($source);

$tabPattern = ['AEGIS', 'AUTRE', 'CHOSE'];
$tabreplace = ['Aegis', 'Autre', 'Chose'];

$withReplace = str_replace($tabPattern, $tabreplace, $content);

file_put_contents($cible, $withReplace);

je te laisse regarder la doc des fonctions utilisées afin de comprendre ce qui est fait.

@+

<?php
define('DEBUG', true);
$cible = fopen('fichiercible.csv', 'a');
flock($cible, LOCK_EX);
if (($source = fopen("STRAX2014.csv", "r")) !== false) {
    while (($data = fgetcsv($source, 10000, ";")) !== false) {
        $final = [];
        foreach ($data as $i => $value) {
            if ($value == "AEGIS") {
                $final[$i] = "Aegis";
            }else {
                $final[$i] = $value;
            }
            // histoire de pas polluer l'affichage si pas besoin
            if (DEBUG) {
                echo $data[$i] . "<br />\n";
            }
        }
        // insertion dans le nouveau fichier
        fputcsv($fp, $final);
    }
    fclose($source);
}

flock($cible, LOCK_UN);
fclose($cible);
 

<?php
$source = 'STRAX2014.csv';
$cible = 'lefichierfinal.csv';
$content = file_get_contents($source);

$tabPattern = ['AEGIS', 'AUTRE', 'CHOSE'];
$tabreplace = ['Aegis', 'Autre', 'Chose'];

$withReplace = str_replace($tabPattern, $tabreplace, $content);

file_put_contents($cible, $withReplace);

if (($handle = fopen("STRAX2014.csv", "r")) !== FALSE) {
    while (($data = fgetcsv($handle, 10000, ";")) !== FALSE) {
        $num = count($data);
        for ($c = 0; $c < $num; $c++) {
            if ($data[$c] == "AEGIS") {
                $data[$c] = "Aegis";
            }
            echo $data[$c] . "<br />\n";
        }
        $fp = fopen("new.csv", "a");
        foreach ($data as $fields) {
            $val = explode(";",$fields);
            fputcsv($fp, $val);
        }
    }
    fclose($handle);
}