Pour remedier à ce problème, deux solution:
la première c'est que dès le départ (la mise en route du site sur le web) il te faut mettre que des liens réécrits, tu ne dois avoir nul part un index.php?etc... mais seulement des article-(etc...) (ou autres, je suppose que tu n'aura pas seulement des article-(etc...)
la deuxième c'est de dire que cette page est à présent réécrite (quand on fait la modification après que le site soit lancé et que les pages sont enregistré dans les moteurs de recherche) donc il faut rediriger vers la page réécrite en 301, tu peux le faire en PHP avec un header(), ex:
header("Status: 301 Moved Permanently", false, 301);
header("Location: article-(etc...).php");
bien sûr ne pas mettre ce code en haut sans condition car il ferait une boucle mais vérifier si le visiteur (ou le robot) est sur la page index.php ou article-(etc...), si il est sur index.php, mettre le code
Tu peux vérifie si il est sur une page où l'autre avec $_SERVER['SCRIPT_FILENAME'] (je penses ou sinon faire un var_dump($_SERVER) et voir à prendre le plus approprié
