<?php
		}
	if ($NomGroupe!=null && trim($NomGroupe)!="")
		{

	?>
<tr>
	<td style="text-align: justify;">
	<?php
	//Connection à la base//
	$lien = mysql_connect("xx","xx","xx");
	mysql_select_db("xx", $lien);

	//Affichage du nom des produits//
	$requete2="SELECT IdGroupe, NomGroupe,AutreNomGroupe,Presentation, InfCompl, MAJ
            FROM groupes
            WHERE IdGroupe='".$RefGroupe."'";
    $result2=mysql_query($requete2);
		while ($val2=mysql_fetch_array($result2))
            {               
    ?>
	Nom du groupe :
	</td>
    <td style="text-align: justify;">
    	<span style="font-size: 10pt; font-family: Arial,sans-serif;">
    	<a href="xx.php?IdGroupe=<?php print ($val2["IdGroupe"]);?>"><?php echo $val2["NomGroupe"];?></a>
    	</span>
    </td>
    <?php                
            }
    mysql_close($lien);
    ?>
</tr>

$requete2="SELECT IdGroupe, NomGroupe,AutreNomGroupe,Presentation, InfCompl, MAJ
            FROM groupes
            WHERE IdGroupe=".$RefGroupe."
            AND NomGroupe IS NOT NULL ";

<?
$requete2="SELECT IdGroupe, NomGroupe,AutreNomGroupe,Presentation, InfCompl, MAJ 
			FROM groupes
			WHERE IdGroupe=".$RefGroupe." 
			AND NomGroupe <> '' ";
			echo "<p>".$requete2."</p>";
            $result2=mysql_query($requete2);// ligne qui affiche la requete a tester dans phpmyadmin
            $nb_lignes=mysql_num_rows($requete2);
            echo "nombres de lignes de retour ".$nb_lignes; // si NomGroupe est NULL alors ce chiffre doit etre a 0 sinon a 1
            while ($val2=mysql_fetch_array($result2))
            {               
                ?>
                 <td style="text-align: justify;">
                    <span style="font-size: 10pt; font-family: Arial,sans-serif;">
                    <a href="aff_xx.php?IdGroupe=<?php print ($val2["IdGroupe"]);?>"><?php echo $val2["NomGroupe"];?></a>
                    </span>
                 </td>
              <?php                
            }
            mysql_close($lien);
        ?>  

if ($val2["IdGroupe"] == $RefGroupe)

if ($val3["RefSociete"] == $IdSociete)

Si tu fait afficher $NomGroupe avant ce test est ce que tu as un affichage quelconque ?

<?
if ($NomGroupe != null)
    {
    ?>
	<tr>
		<td style="text-align: justify; vertical-align: top; font-size: 10pt; font-weight: bold; font-family: Arial,sans-serif; color: #ff9900;">
			Nom du groupe :
		</td>
        <?php
			//Connection à la base//
			$lien = mysql_connect("xx","xx","xx");
			mysql_select_db("xx", $lien);

			//Affichage du nom du groupe//
			$requete2="SELECT IdGroupe, NomGroupe,AutreNomGroupe,Presentation, InfCompl, MAJ
                    FROM groupes";
			$result2=mysql_query($requete2);
			while ($val2=mysql_fetch_array($result2))
            {
				if ($val2["IdGroupe"] == $RefGroupe)
                {
					print ('');
					?>
					<td style="text-align: justify;">
						<span style="font-size: 10pt; font-family: Arial,sans-serif;">
						<a href="aff_xx.php?IdGroupe=<?php print ($val2["IdGroupe"]);?>"><?php echo $val2["NomGroupe"];?></a>
						</span>
					</td>
					<?php
				}
			}
			mysql_close($lien);
		?>  
		</td>
	</tr>
    <?php
    }
	else 
	echo "pas affiliée à un groupe";

si tu as "", la sortie de ton test sera FALSE car "" n'est pas différent dans la 2ème condition...

Et dans ta base, tu refuses la valeur NULL pour le champ (puisque $NomGroupe est récupéré de la base, je suppose que c'est pour celà que tu test aussi la valeur NULL... Si c'est le cas, fais en sorte que ton champs refuses la valeur NULL... Tu n'auras plus dans ta base que "" ou une valeur quelconque)

Ne peux tu pas simplement faire un test sur ""... Si c'est différent, tu fais le if, si c'est égal alors rien...

 if ($NomGroupe!=null && trim($NomGroupe)!="")