<?
$seq1 = $_POST['sequence1'];
$seq2 = $_POST['sequence2'];
$sid = $_POST['Sid'];
$ssub = $_POST['Ssub'];
$pind = $_POST['Pind'];

if (strcmp($seq1,$seq2) ==0)
{
	echo'Les deux séquences sont identiques, veulliez verifier vos entrées';
}

else if(preg_match('([A,T,G,C])', $seq1) and preg_match('[A,T,G,C])',$seq2))
{
/*initialisation matrice*/
	$matrice=array();
	
	For($l=0;$l<sizeof($seq1);$l++)
	{
		$matrice[]=array();
		$matrice[$l][$c=0]=array($l+$ssub);
	}
	For($c=0;$c<sizeof($seq2);$c++)
	{
		$matrice[]=array();
		$matrice[$l=0][$c]=array($c+$ssub);
	}
	

//double boucle//
	for($l=0;$l<sizeof($seq1);$l++)
	{
		for($c=0;$c<sizeof($seq2);$c++)
		{
			if(strcmp(substr($seq1,$l,1),substr($seq2,$c,1)) ==0)
			{
				$matrice[$l][$c]=$sid;
			}
			else
			{
				$matrice[$l][$c]=$ssub;
			}
		
		}
	}
} 
else 
{ 
	echo'Seuls les caractères A,T,G et C sont acceptés'; 
}


?>

$matrice=array();
	
	For($l=0;$l<sizeof($seq1);$l++)
	{
		$matrice[]=array($l+$ssub);
		$matrice[$l][$c=0]=array();
	}
	For($c=0;$c=sizeof($seq2);$c++)
	{
		$matrice[]=array($c+$ssub);
		$matrice[$l=0][$c]=array();
	}
	
		echo $matrice[$l][$c];

Merci pour ta réponse.
Le truc c qu'on m'a pas apprit comme ça du coup je suis un peut perdu.
si j'envois un morceaux du code tu crois que tu pourrait m'aider ??