Utilises intval() sur tes variables comme écrit par sirakawa.

$requetetableau2 = $bdd->query("SELECT * FROM tableau_games");
$gamestableau = $requetetableau2->fetchAll();
$matchindex1 = intval($gamestableau[0]['matchid']);
$roundid1 = intval($gamestableau[0]['roundid']);
$scoreun1 = intval($gamestableau[0]['scoreone']);
$scoredeux1 = intval($gamestableau[0]['scoretwo']);
$KO->setResByMatch($matchindex1, $roundid1, $scoreun1, $scoredeux1);

$requetetableau2 = $bdd->query("SELECT * FROM tableau_games");
$gamestableau = $requetetableau2->fetchAll();
$matchindex1 = $gamestableau[0]['matchid'];
$roundid1 = $gamestableau[0]['roundid'];
$scoreun1 = $gamestableau[0]['scoreone'];
$scoredeux1 = $gamestableau[0]['scoretwo'];
var_dump($matchindex1,$roundid1,$scoreun1,$scoredeux1); // affiche string(1) "0" string(1) "1" string(1) "5" string(1) "0"
$KO->setResByMatch($matchindex1, $roundid1, $scoreun1, $scoredeux1); // ne fonctionne pas

$matchindex1 = 0;
$roundid1 = 1;
$scoreun1 = 5;
$scoredeux1 = 0;
var_dump($matchindex1,$roundid1,$scoreun1,$scoredeux1); // affiche int(0) int(1) int(5) int(0)
$KO->setResByMatch($matchindex1, $roundid1, $scoreun1, $scoredeux1); // fonctionne

Quel type d'erreur à tu ?

 if (!$this->isMatchCreated($m, $r) ||                                               // Valid round and match?
            $this->bracket[$r][$m]['s1'] == -1 || $this->bracket[$r][$m]['s2'] == -1 ||     // Are competitors "ready"/exist?
            !is_int($s1) || !is_int($s2) || $s1 < 0 || $s2 < 0 || $s1 == $s2) {             // Valid scores?
            return false;
        }

Possibilité, tes is_int() peuvent posé problème si tes variable retourne une string, tu peut cependant utiliser intval() pour forcer un int en string de redevenir un int ( attention sur une string tu obtiendra un mauvais résultat !!! )

Pense également à vérifier si tes variables passer sont !== null et !empty().

Quand on a un problème de ce genre, on fait afficher les vriables concernées:

public function setResByMatch($m, $r, $s1, $s2) {
var_dump($m);
*var_dump($r);
var_dump($s1);
var_dump($s2);
// le code de ma fonction
}

Si les variables n'ont pas de valeur, il faut tester avant.
Dans le programme qui appelle cette fonction, il y a un
include("fichier")
ajouter:
var_dump($matchindex); //etc...

public function setResByMatch($m, $r, $s1, $s2) {
var_dump($m);
*var_dump($r);
var_dump($s1);
var_dump($s2);
// le code de ma fonction
}

function f()
{
$return $z+1;
}
include ("include");
var_dump(f();

function f()
{
global $z;
$return $z+1;
}
include ("include");
var_dump(f();

 if (!$this->isMatchCreated($m, $r) ||                                               // Valid round and match?
            $this->bracket[$r][$m]['s1'] == -1 || $this->bracket[$r][$m]['s2'] == -1 ||     // Are competitors "ready"/exist?
            !is_int($s1) || !is_int($s2) || $s1 < 0 || $s2 < 0 || $s1 == $s2) {             // Valid scores?
            return false;
        }

Tes 4 variables sont déclarer dans un de tes includes ?
Tu as simplement oublier de les spécifier avant leur utilisation ?

<?php
try
{
    $bdd = new PDO('mysql:host=***;dbname***', '***', '***');
}
catch(Exception $e)
{
        die('Erreur : '.$e->getMessage());
}

?>

$requetetableau = $bdd->query("SELECT * FROM tableau_games");
$gamestableau = $requetetableau->fetchAll();
$match1 = $gamestableau[0]['matchid'];
$round1 = $gamestableau[0]['roundid'];
$scoreun1 = $gamestableau[0]['scoreone'];
$scoredeux1 = $gamestableau[0]['scoretwo'];

possible erreur venant de là :

$matchindex = 1;
$roundid = 1;
$scoreun1 = 8;
$scoredeux1 = 4;

$requetetableau = $bdd->query("SELECT * FROM tableau_games");
$gamestableau = $requetetableau->fetchAll();
$match1 = $gamestableau[0]['matchid'];
$round1 = $gamestableau[0]['roundid'];
$scoreun1 = $gamestableau[0]['scoreone'];
$scoredeux1 = $gamestableau[0]['scoretwo'];


$KO->setResByMatch(0, 1, 5, 0); // fonctionne
$KO->setResByMatch($matchindex, $roundid, $score1, $score2); // ne fonctionne pas alors que les 4 variables contiennent (1,1,8,4)

// ne serait-pas plutot : ???
$KO->setResByMatch($match1, $round1, $scoreun1, $scoredeux1);

Possibilité de voir ce que fait ta fonction ?
Car normalement passer des arguments par variables ne pose strictement aucun souci ...

<?php
include("config/database.php");
$requetetableau = $bdd->query("SELECT * FROM tableau_games");
$gamestableau = $requetetableau->fetchAll();
$match1 = $gamestableau[0]['matchid'];
$round1 = $gamestableau[0]['roundid'];
$scoreun1 = $gamestableau[0]['scoreone'];
$scoredeux1 = $gamestableau[0]['scoretwo'];

error_reporting(E_ALL);
include("classes/class.tableau.php");
$GDLIB_INSTALLED = (function_exists("gd_info")) ? true : false;
$competitors = array('Joueur 1','Joueur 2','Joueur 3','Joueur 4','Joueur 5','Joueur 6','Joueur 7','Joueur 8');
$KO = new KnockoutGD($competitors);
$bracket = $KO->getBracket();

$KO->setResByMatch(0, 1, 5, 0); // fonctionne
$KO->setResByMatch($matchindex, $roundid, $score1, $score2); // ne fonctionne pas alors que les 4 variables contiennent (1,1,8,4)

if ($GDLIB_INSTALLED) {
    $im = $KO->getImage("Tournoi non commence");
    header('Content-type: image/png');
    imagepng($im);
}

?>

public function setResByMatch($m, $r, $s1, $s2) {
// le code de ma fonction
}

$KO->setResByMatch(0, 1, 5, 0); 

$matchindex = 0;
$roundid = 1;
$score2 = 5;
$score1 = 0;
$KO->setResByMatch($matchindex, $roundid, $score1, $score2);