J'ai, personnellement, une petite préférence nostalgique pour l'ancien MySQL Control Center.
Et, parfois la ligne de commande avec le client Linux mysql, quand je suis pressé et en console.
PS: Ceci demande, évidemment, que tu ouvres un port sur le serveur pour communiquer avec ta bdd. Attention à la sécurité. Si tu es prudent, tu devras "blinder" l'accès (iptables ou tcp wrapper). Ou bien installe phpMyadmin sur ton serveur (avec un bon mdp)