Bonjour,

J'aimerais savoir s'il est possible de réceptionner un fichier (en format fasta) puis de supprimer une séquence de plusieurs lignes (d'un motif à un autre) à condition que dans cette séquence il y ait un mot saisi par l'utilisateur.
Ou inversement de renvoyer un nouveau fichier qui ne contiendrait que les séquences (d'un motif à un autre) ne contenant pas le mot saisi par l'utilisateur...

Je n'ai trouvé que le net que des références à la fonction sed (donc sous unix) mais sed ne supprime que la ligne contenant le mot et pas celles qui suivent...

Merci d'avance à qui pourra m'éclairer !

Un mot saisi par l'utilistateur ? dans un fichier FASTA ? Une séquence saisie par l'utilisateur ?

Bien que sur que oui.

Le langage perl est particulièrement indiqué pour traiter du FASTA, et pour une simple et (très) bonne raison, les expression régulières !!!

Je me documenterais sur les expressions régulières, autrement dit les regex.

Oui je pensais aussi au perl que je ne maîtrise pas mais que je vais devoir apprendre.... Seulement le perl ne permet pas d'interface graphique, il ne se fait qu'en ligne de commande... Ou je me trompe?

J'espérais pouvoir faire ça en langage php pour un interface graphique plus agréable pour l'utilisateur...

En tous cas merci de ta réponse !!

EDIT: je viens de trouver sur le net qu'on peut ptet mixer perl avec java ou gtk... je pense que je trouverai une solution!

Merci encore!

Oui pas de problèmes je connais les regex, le seul souci c'est de bien les appliquer...
Je ne connais que le C, un peu le html / php...
Là je vais me mettre au Perl pour le script et à Tk pour l'interface graphique... Et je sens que je vais avoir besoin d'aide dans pas longtemps... Ceci dit je posterai sur des forums plus appropriés, php france étant avant tout un forum pour le php...
Merci de tes conseils !