Non tu les crées ou tu veux, et tu les inclus

Je prends la liberté de rajouter quand même quelques détails.
La POO, c'est surtout avec un but pratique pour ne pas avoir à ré-écrire certains codes génériques qu'on retrouve souvent quelle que soit l'application en cours de développement. Avec le temps, on en arrive donc à se poser des questions sur l'architecture logicielle, comment répartir les fichiers, selon quels critères doit-on mettre tel ou tel fichier dans tel ou tel répertoire, comment les nommer, tant les fichiers que les répertoires d'ailleurs.
Donc, pour reprendre la réponse faite par
AoSiX, tu crée les répertoires selon ton inspiration du moment, mais je t'encourage à réfléchir à cette question de portabilité. Imagine par exemple que des classes que tu écris devront pouvoir être réutilisées à l'avenir lorsque tu attaqueras un autre projet : il sera plus facile de copier un seul répertoire contenant toutes tes classes pour l'insérer dans l'architecture du futur projet que de devoir les récupérer ici et là à travers plein de répertoires.
En résumé, je suggère la création d'un répertoire « librairie » à la racine de ton projet, et dedans tu ne mettras QUE des classes génériques, pas de code spécifique à une application donnée. Il ne faudrait en effet pas devoir y faire un ménage quelconque lorsque tu voudras l'utiliser à nouveau dans une autre projet.