Il n'y a pas à ma connaissance de différence fonctionnelle entre les deux donc à toi de choisir celui que tu préfères. J'utilise IN() s'il y a la moindre chance d'avoir plusieurs éléments.
Si mes souvenirs sont bons, IN avec un seul élément est marginalement plus lent qu'un simple = mais rien de significatif. À partir de 2 il n'y a plus de différences.