Bonjour tous le monde,
Voilà je cherche à crééer un fichier contenant une chaine de caratère alignée, j'ai donc créé le script pour mais lorsque le caractère n'est pas du même type, il me met des retour à la ligne, presque de façon aléatoire.
Voici la fonction execute permettant de joindre les chaines de caratères contenus dans un fichier

public function execute() {
		if(file_exists($this->way)) {                              

			$lignes= file ($this->way); 
			$cpt=0;                                                

			foreach($lignes as $ligne) {                           

				if(strpos($ligne,'>')!== false){
					if($cpt>0) {
					

						echo "$sequence<br \>";
						$sequence=trim($sequence," "); 

						$this->readwind($sequence);   
						$sequence="";
						
               

					}
					$this->id=$ligne;

					$sequence="";

					$cpt++;

				}
				else{
				
					$sequence.=$ligne;  

					$sequence=trim($sequence);
				}

				

			}

			if($sequence!="") {     
				echo "$sequence<br \>"; 
				echo "$this->id<br \>";	
				#echo "$sequence<br \>";	
				$this->readwind($sequence);

			}

		}
		else {   
			die("impossible d'ouvrir le fichier FASTA");

			

		}
	}

	function readwind($sequence) {
		echo $sequence;
		
		$fich="/home/guillaume/Desktop/Seq-matrice/completefile.txt";

		file_put_contents($fich,$this->id,FILE_APPEND);
		file_put_contents($fich,$sequence,FILE_APPEND);
	}

La fonction function readwind permet d'écrire le contenue dans une un fichier.

PS Ce script focntionne lorsque les caratères composant la chaine de caract sont du même type à savoir des lettres.
Un exemple de mon output:
>gi|15130760|emb|CAC48161.1| pertactin [Bordetella pertussis]

MNMSLSRIVKAAPLRRTTLAMALGALGAAPAAHADWNNQSIVKTGERQHGIHIQGSDPGGVRTASGTTIKVSGRQAQGILLENPAAELQFRNGSVTSSGQLSDDGIRRFLGTVTVKAGKLVADHATLANVGDTWDDDGIALYVAGEQAQASIADSTLQGAGGVQIERGANVTVQRSAIVDGGLHIGALQSLQPEDLPPSRVVLRDTNVTAVPASGAPAAVSVLGASELTLDGGHITGGRAAGVAAMQGAVVHLQRATIRRGDAPAGGAVPGGAVPGGFGPGGFGPVLDGWYGVDVSGSSVELAQSIVEAPELGAAIRVGRGARVTVSGGSLSAPHGNVIET-GGARRFAPQAAPLSITLQAGAHAQGKALLYRVLPEPVKLTL----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Ce que je souhaiterai avoir c'est la même chose pour le titre et la sequence sur une seule ligne, pas de retour à la ligne au "-".

Voilà si vous connaissez une fonction permettant de corriger ce bugg
merci d'avance

a tout hasard le flag de file FILE_IGNORE_NEW_LINES

Je viens d'essayer, pas de changement, l'idée était pourtant très bonne.

public function execute() {
		if(file_exists($this->way)) {                              

			$lignes= file ($this->way, FILE_IGNORE_NEW_LINES | FILE_SKIP_EMPTY_LINES); 
			$cpt=0;                                                

			foreach($lignes as $ligne) {                  

d'ailleurs comme c'est du texte ca serait

file($this->way, FILE_TEXT |FILE_IGNORE_NEW_LINES | FILE_SKIP_EMPTY_LINES); 

idem pour file_put_contents le FILE_TEXT

pourquoi tu enleves que les espace a :

$sequence=trim($sequence," "); 

tu peux enlever tout

C'est pas vrais malgrès tout ce que tu me dit cela ne fonctionne toujours pas, j'ai pourtant tout modif

ublic function execute() {
		if(file_exists($this->way)) {                              

			$lignes= file ($this->way,FILE_TEXT |FILE_IGNORE_NEW_LINES | FILE_SKIP_EMPTY_LINES); 
			$cpt=0;                                                

			foreach($lignes as $ligne) {                           

				if(strpos($ligne,'>')!== false){
					if($cpt>0) {
					

						echo "$sequence<br \>";
						$sequence=trim($sequence); 

						$this->readwind($sequence);   
						$sequence="";
						
               

					}
					$this->id=$ligne;

					$sequence="";

					$cpt++;

				}
				else{
				
					$sequence.=$ligne;  

					$sequence=trim($sequence);
				}

				

			}

			if($sequence!="") {     
				echo "$sequence<br \>"; 
				echo "$this->id<br \>";	
				#echo "$sequence<br \>";	
				$this->readwind($sequence);

			}

		}
		else {   
			die("impossible d'ouvrir le fichier FASTA");

			

		}
	}

	function readwind($sequence) {
		echo $sequence;
		
		$fich="/home/guillaume/Desktop/Seq-matrice/completefile.txt";

		file_put_contents($fich,$this->id,FILE_TEXT|FILE_APPEND);
		file_put_contents($fich,$sequence,FILE_TEXT|FILE_APPEND);
				
	}

met ton retour en balise [ code], pour voir ce que ca donne avec les espaces

Je voi pas trop ce que tu veux dire... dsl peux-tu être plus explicite

et tu voudrais que ca rend quoi ?

Dans ce cas là

>gi|72539735|gb|AAZ74302.1| pertactin [Bordetella bronchiseptica]
SIVEAPELGAAIRVGRGARVTVSGGSLSAPHGNVIET-GARRFAPQAAPLSITLQAGAHAQGKALLYRVLPEPVKLTL-----------------------------------------------

Sur le fichier de base chaque sequences est étalé sur 12 lignes, je souhaiterai qu'elle soit alignée sur une seule ligne, avec ce script elle s'étallent sur 2 ou 3 lignes avec généralement des retours à la ligne au premier '-' rencontré

Je ne comprend pas , normalement avec tout ce qu'il y'a sur ce script, je ne devrai pas avoir de retour à la ligne. La plupart d'entre eux(retour à la ligne) ont été supprimé par rapport au fichier initial mais il en reste certains invisibles qui persistes.

Personne ne connaîtrait un moyen de le supprimer??

je vois ce que tu veux dire, un methode avec des regexp serais plus adapter

Le "retour à la ligne", ce ne serait pas bêtement un problème de présentation ?

Tu peux nous donner le source de ce que tu obtiens ? (juste une ligne)

sinon, essaye d'ouvrir le fichier résultat avec un bon éditeur de texte, capable de t'afficher les caractères cachés (Notepad++ fait ça très bien sous Windows). Ca devrait te donner des indications...

en brut

>gi|15130760|emb|CAC48161.1| pertactin [Bordetella pertussis]
MNMSLSRIVKAAPLRRTTLAMALGALGAAPAAHADWNNQSIVKTGERQHGIHIQGSDPGGVRTASGTTIKVSGRQAQGILLENPAAELQFRNGSVTSSGQLSDDGIRRFLGTVTVKAGKLVADHATLANVGDTWDDDGIALYVAGEQAQASIADSTLQGAGGVQIERGANVTVQRSAIVDGGLHIGALQSLQPEDLPPSRVVLRDTNVTAVPASGAPAAVSVLGASELTLDGGHITGGRAAGVAAMQGAVVHLQRATIRRGDAPAGGAVPGGAVPGGFGPGGFGPVLDGWYGVDVSGSSVELAQSIVEAPELGAAIRVGRGARVTVSGGSLSAPHGNVIET-GGARRFAPQAAPLSITLQAGAHAQGKALLYRVLPEPVKLTL----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Voila les 3 premiere ligne de mon fichier de sortie, j'ai enlevé le FILE_IGNORE_NEW_LINES de "file" car il m'alligné ma sequence avec le titre : ">gi|15130760|emb|CAC48161.1| pertactin [Bordetella pertussis]"