Le Zend Studio et plus généralement eclipse je pense rencontre un probleme avec certain bouton des boites de dialogue.
Pour palier à ce problème il suffit d'exporter une variable dans son environnement avant de lancer l'editeur :
export GDK_NATIVE_WINDOWS=1
Par contre les bouton de la boite de dialogue de recherche ne fonctionne toujours pas.
Edit :
En fait il faut créer un petit script shell pour l'execution du programme , plus d'infos :
http://kb.zend.com/index.php?View=entry&EntryID=435