Array
(
    [2012-02-04] => Array
        (
            [messages] => 56
        )

    [2012-02-05] => Array
        (
            [sujets] => 2
            [messages] => 42
        )

    [2012-02-06] => Array
        (
            [sujets] => 3
            [messages] => 32
        )

    [2012-02-07] => Array
        (
            [sujets] => 2
            [messages] => 40
        )

    [2012-02-08] => Array
        (
            [sujets] => 5
            [messages] => 60
        )
...

Array
(
    [2012-02-04] => Array
        (
            [sujets] => 0    
            [messages] => 56
        )

    [2012-02-05] => Array
        (
            [sujets] => 2
            [messages] => 42
        )

    [2012-02-06] => Array
        (
            [sujets] => 3
            [messages] => 32
        )

    [2012-02-07] => Array
        (
            [sujets] => 2
            [messages] => 40
        )

    [2012-02-08] => Array
        (
            [sujets] => 5
            [messages] => 60
        )

$tab = array( 0 => 0, 2 => 2, 3 => 3);
$tab[1] = 1;
var_dump($tab);

        foreach ($dates AS $key => $values) {
            if (!isset($values['sujets']) OR !isset($values['messages']))
            {
                $newdate[$key]['sujets'] = (isset($values['sujets'])) ? $values['messages'] : 0;
                $newdate[$key]['messages'] = (isset($values['messages'])) ? $values['messages'] : 0;
            }
            else
            {
                $newdate[$key] = $values;
            }
        }

Plutôt que de dupliquer le tableau utilises le tableau source (sauf si ta duplication a une réelle utilité par la suite).
Ce qui impliquera aussi que le else ne sera pas nécessaire.

foreach($monTableau as $index => $valeur){
  $monTableau[$index] = $valeur + 1;
}