<header id="header">
		<div class="row">
			<div class="logo"><a href="<?php bloginfo('siteurl'); ?>"><img src="<?php echo of_get_option('logo', get_bloginfo('template_directory')."/images/logo.gif"); ?>" alt="<?php bloginfo('name'); ?>" /></a></div>
			<nav id="nav" class="nav-holder">
			<a href="http://www.monsite"><img src="http://www.monsite/logo.jpg" alt="Accueil" /></a>
				<?php wp_nav_menu(array('theme_location' => 'main_navigation', 'depth' => 3, 'container' => false, 'menu_id' => 'nav')); ?>
			</nav>
		</div>
	</header>

.masquer {
  display: none;
  visibility: hidden;
}

Salut, tu dois utiliser les médias queries...
Crée une classe .masquer pour ton logo et tu met dans ton css:

.masquer {
  display: none;
  visibility: hidden;
}

ce code css doit être mis dans les médias queries qui te convienne...

C'est extrêmement explicite.