Euh non je ne suis pas magicien au point de connaître ta configuration ou ce que tu fais.
Voici donc mes deux pistes :
Peut être as-tu une configuration qui fais qu'il rajoute systématiquement une ligne vide à la fin d'un batch.
Peut être que le script ne passe pas sur cette machine mais que tu n'as pas vérifié la présence d'erreur.