Ha j'ai compris ce que tu m'a écrit LOL aprés avoir bien lu !

Si par exemple j'ai dix enregistrements avec le meme N° de contrat j'aurais donc 10 fois mes cases à cocher....

Mais alors comment faire pour réctifier cela ?

enfaite tu boucles déja sur les cases or c'est ce qu'il faut éviter pour ne pas avoir des cases en double.

Donc tu boucles uniquement sur la récupération des id et non sur les cases.
Ces id tu peux les stocker dans un tableau puis lors de la construcion des cases verifier si l'id qui correspond a la case est dans ce tableau.

<?php

if ($resselectdid = mysql_query($sqldid))
{
    $tab=array();
    while($selectdid = mysql_fetch_array($resselectdid))
    { 
         $tab[] = $selectdid['garanties'];
    }   
    // lignes a adapter pour les autres cases 
    $checked = (in_array(3,$tab)) ? "checked=\"checked\"" : ""  ?>
    <td>
        <input name="id_garanties[]" type="checkbox" id="id_garanties[]" value="3" <?php echo $checked; ?>>
    </td>
    ...
    ...
<?
}

tu peux te baser sur le même système pour les autres cases