Salut,
Je viens avec cette petite question : pourquoi bootstrap transforme mes insertions php en commentaire? Avant d'intégrer bootstrap il n'y avait pas de problème. Par exemple avec ma page logo.php ça donne :

<!-- ?php include("logo.php"); ?-->

Bootstrap est une librairie HTML/JS/CSS donc qui s'exécute côté client.
Or le code PHP est exécuté côté serveur donc en amont.

Donc il est assez peu probable que ce soit bootstrap qui provoque cela.
A moins que tu aies fait une intégration atypique...