La première remarque que je ferais (J'ai l'âge de le faire

) si tu codes comme tu écris, tu vas avoir de sacrés problèmes.
Ceci posé : les frames sont un peu obsolètes et posent encore des problèmes pour le référencement. Ensuite, le XHTML par rapport au HTML, ce n'est qu'une petite différence: le langage est exactement le même, MAIS c'est beaucoup plus rigoureux en terme de validité. Le XHTML, c'est la version XML du HTML. Je vais essayer de résumer sans te paumer en route.
Le HTML est une instance du SGML, langage d'origine de beaucoup d'autres, encore utilisé, mais dans des domaines très spécialisés. Le SGML est ce qu'on appelle un métalangage, un langage qui sert à créer des langages.
Le XML est une version simplifiée du SGML, et c'est donc également un métalangage qui sert à créer des langages; le XHTML est une instance du XML (comme le HTML pour le SGML, tu suis toujours?)
La syntaxe d'un langage XML est rigide. Pour faire du XHTML, il faut être attentif, par exemple, TOUTES les balises doivent être fermées, y compris les balises vides (<BR> deviens ainsi <br />) et doivent être en minuscule, tout comme leurs attributs, et les valeurs d'attribut doivent impérativement être entre guillemet.
Grosso modo, c'est ça le XHTML. Va faire un tour sur openweb.eu.org, tu y trouveras beaucoup de références.
Enfin, si tu transformes ton site en utilisant le PHP, tu n'auras pas plus de fichiers et même plutôt moins : allié avec du XHTML et des feuilles de style CSS, tu peux très bien faire un site très propre.
Je n'ai pas dit que c'était facile, mais c'est a voie incontournable de l'avenir
Bon courage.