Il m'est arrivé d'avoir des problèmes totalement incompréhensibles de ce style avec FileZilla, que je règle en général en envoyant mon fichier en ligne de commande. Si tu as un accès shell à ton serveur, le mieux est d'utiliser scp je n'ai jamais eu de souci avec ça, et WinSCP offre une interface graphique type explorer pour parcourir l'arborescence du serveur distant.

Pour l'explication, quand ça m'était arrivé il s'agissait de fichiers binaires, et ça m'est arrivé une fois avec un fichier en utf-8 (ça m'étonnerait qu'il s'agisse de ça, j'ai manipulé bien d'autres fichiers utf-8 et ça n'est jamais arrivé, mais c'était vraiment son seul signe particulier :/)