Salut,
il y a des moyens simple de palier à tous ces soucis :
un fichier de configuration avec quelques constante définies :
fichier : includes/config.inc.php par exemple avec dedans (par exemple) :
define('INC_DIR',dirname(__FILE__));
define('GAUCHE_DIR',INC_DIR.'/../gauche');
Le but étant d'avoir un répertoire de base pour tes inclusions. Ensuite tu inclu s tes fichier relativement à ce répertoire :
// inclusion de la conf
include('includes/config.inc.php');
include(GAUCHE_DIR.'/monScript.inc.php');
include(INC_DIR.'/../autre_rep/autreFichier.php');
Enfin c'est ce que j'utilise personnelement, peut être y a-t-il d'autres méthodes plus pratique.