alors étape 1
vérifie l'encodage utilisé par ton premier site en html... si tu l'avais pas précisé, il y a de fortes chances qu'il utilise celui par défaut de ton navigateur, soit bien souvent ISO-8859-1
tu peux le faire avec firefox dans le menu affichage->Encodage des caractères. Tu dois pouvoir aussi le faire avec IE mais je sais pas comment vu que j'l'ai pas.
étape 2
sur ton second site en xhtml, force l'encodage de ton navigateur en ISO-8859-1 pour voir si cela change quelque chose.
étape 3
vérifie l'encodage de ton éditeur php/html et passe le en utf8 s'il n'y est pas.