Eh bien non c'est pourtant la version 3.3 que je posséde....
Il y a peut être un truc tout bête que je n'ai pas fait ...mais vraiment je vois pas ..

Il faut aller dans les préférences de PHP sur Eclipse
Window->Preferences->PHPeclipse Web Development->PHP

Directement sur ce lien, tu dois cocher «Show line numbers» et ça devrait fonctionner

C'est trés aimable d'apporter une solution, mais depuis je suis sur PDT qui n'a pas ce probleme.
Merci en tout cas.