Bonjour,je vous explique mon problème, je suis en train d'essayer de faire un analyseur de séquence d'ADN.Pour cela j'ai créer un formulaire banal avec un textarea, ou je vais rentrer une séquence composée de ATGC, comme par exemple au hazard ATGCTGACTGCCCCTA...J'ai creer un tableau indicé contenant pour chaque codon le nom de leur acidé aminé correspondant, sachant que chaque plusieurs codons peuvent avoir le meme nom d'acide aminé. Voici mon tableau indicé :
$codons=array('GCA' => 'Alanine',
'GCC' => 'Alanine',
'GCT' => 'Alanine',
'CGA' => 'Arginine',
'CGC' => 'Arginine',
'CGG' => 'Arginine',
'CGT' => 'Arginine',
'AGA' => 'Arginine',
'AGG' => 'Arginine',
'GAC' => 'Acide aspartique',
'GAT' => 'Acide aspartique',
'AAC' => 'Asparagine',
'AAT' => 'Asparagine',
'TGC' => 'Cysteine',
'TGT' => 'Cysteine',
'GAA' => 'Acide glutamique',
'GAG' => 'Acide glutamique',
'CAA' => 'Glutamine',
'CAG' => 'Glutamine',
'GGA' => 'Glycine',
'GGC' => 'Glycine',
'GGG' => 'Glycine',
'GGT' => 'Glycine',
'CAC' => 'Histidine',
'CAT' => 'Histidine',
'ATA' => 'Isoleucine',
'ATC' => 'Isoleucine',
'ATT' => 'Isoleucine',
'CTA' => 'Leucine',
'CTC' => 'Leucine',
'CTG' => 'Leucine',
'CTT' => 'Leucine',
'TTA' => 'Leucine',
'TTG' => 'Leucine',
'AAA' => 'Lysine',
'AAG' => 'Lysine',
'ATG' => 'Methionine',
'TTC' => 'Phenylalanine',
'TTT' => 'Phenylalanine',
'CCA' => 'Proline',
'CCC' => 'Proline',
'CCG' => 'Proline',
'CCT' => 'Proline',
'TCA' => 'Sérine',
'TCC' => 'Sérine',
'TCG' => 'Sérine',
'TCT' => 'Sérine',
'AGC' => 'Sérine',
'AGT' => 'Sérine',
'ACT' => 'Thréonine',
'ACC' => 'Thréonine',
'ACG' => 'Thréonine',
'ACT' => 'Thréonine',
'TGG' => 'Tryptophane',
'TAC' => 'Tyrosine',
'TAT' => 'Tyrosine',
'GTA' => 'Valine',
'GTC' => 'Valine',
'GTG' => 'Valine',
'GTT' => 'Valine',
'TAG' => 'STOP',
'TAA' => 'STOP',
'TGA' => 'STOP');
Au final,quand je rentre ma sequence dans mon formulaire et que je valide,jaimerai avoir un resultat m'indiquant combien j'ai de chaque codon ATG par exemple ainsi que tout les autres codons contenu dans ma sequence que j'ai rentrer dans le formulaire.
ex:
J'ai 3 codons GTT codant pour la valine
J'ai 6 codons TGA codant pour le STOP
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Merci beaucoup
la communauté d'entraide francophone dédiée au PHP
tableau indicé/GET
2ACLGKB
Invité n'ayant pas de compte PHPfrance
Avec une boucle for c pas possible? le prof veut que j'utilise une boucle for avecun tableau indicé et un tableau de frequence de chaque codon...
lol
lol
si mais c'est après ca, la on va avoir juste le tableau avec le nombre acide aminé
après tu fais une boucle sur ton tableau pour faire ta liste
EDIT oublie le str_split (je pensais que tu rentrais une sequence dans un textarea)
après tu fais une boucle sur ton tableau pour faire ta liste
EDIT oublie le str_split (je pensais que tu rentrais une sequence dans un textarea)
Si je comprends bien, tu n'as pas besoin de couper en séquences de trois caractères avant de commencer le traitement. Chaque caractère se trouve donc présent dans 3 codons comme ceci, le caractère 3 se trouve dans les codons, 123, 234 et 345.
Si tel est le cas et que tu doives coder une boucle "for", c'est simple
Il ne te reste alors qu'à organiser la présentation de tes résultats.
Si tel est le cas et que tu doives coder une boucle "for", c'est simple
Code : Tout sélectionner
//Tu fais deux tableaux de combinaisons et noms, rigoureusement dans le même ordre
$Possibles = array("ABC", "BCA", "CBA", ...);
$Noms = array("Machine", "Globuline", "Ordinatine" ...);
$Resultats = array();
for ($c=0; $c<(count($LaChaine)-2)$x++) {
//Tu récoltes toutes les séquences de 3 caractères présentes dans ta chaine
$codon[$c] = substr($LaChaine, $c, 3);
//Ensuite tu traites cela
//On cherche le codoon dans les $Possibles en on garde l'indice
$Indice = array_search($codon[$c], $Possibles);
//On incrémente la valeur du compteur approprié
$Resultats[$Indice] = $Resultats[$Indice] + 1;
}
Soyez artisans de paix
mais non tu t'embetes
$dna = array_count_values($codons);
foreach($dna as $key => $val)
{
echo sprintf("J'ai %d codons GTT codant pour la %s <br />\n", $val, $key);
}
Modifié en dernier par stealth35 le 23 mars 2010, 14:32, modifié 3 fois.