voila un morceau du fichier de depart
>gi|15130760|emb|CAC48161.1| pertactin [Bordetella pertussis]
MNMSLSRIVKAAPLRRTTLAMALGALGAAPAAHADWNNQSIVKTGERQHGIHIQGSDPGG
VRTASGTTIKVSGRQAQGILLENPAAELQFRNGSVTSSGQLSDDGIRRFLGTVTVKAGKL
VADHATLANVGDTWDDDGIALYVAGEQAQASIADSTLQGAGGVQIERGANVTVQRSAIVD
GGLHIGALQSLQPEDLPPSRVVLRDTNVTAVPASGAPAAVSVLGASELTLDGGHITGGRA
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Normalement les tirets prennent l'espace d'une lettre. Sur un editeur de texte, le tout est donc aligné
Sur cette exemple le fichier sortit me retourne à la ligne au niveau du VIET-GGARR, tout le reste est aligné