Entre les orf qu'il trouve.

Exemple :

AGC AUG AAA AGC UAG AGC AUG AGC GGA UAG
Là il m'affiche : AUGAAAAGCUAGAUGAGCGGAUAG

Et je voudrais : AUGAAAAGCUAG AUGAGCGGAUAG

Entre les orf qu'il trouve.

Exemple :

AGC AUG AAA AGC UAG AGC AUG AGC GGA UAG
Là il m'affiche : AUGAAAAGCUAGAUGAGCGGAUAG

Et je voudrais : AUGAAAAGCUAG AUGAGCGGAUAG

c'est que je te disais avec chunk_split

Ah ok, dsl, mais à quoi servait ton "3" alors ?

Encore un problème, en réalité le codon stop peut-être soit UAG soit UGA soit UAA... Et dans ce cas là /AUG(?:[ACGU]{3}(?<!UAG))+UAG/u devient quoi ?
Il faut faire intervenir des barres verticales (dont je ne connais pas le nom lol) non ?

Ah ok, dsl, mais à quoi servait ton "3" alors ?

le 3 c'est que tout les 3 caractères il va faire un espace

Encore un problème, en réalité le codon stop peut-être soit UAG soit UGA soit UAA... Et dans ce cas là /AUG(?:[ACGU]{3}(?<!UAG))+UAG/u devient quoi ?
Il faut faire intervenir des barres verticales (dont je ne connais pas le nom lol) non ?

arf ca se complique
sans testé je dirais
/AUG(?:[ACGU]{3}(?<!U(?:AG|GA|AA)))+U(?:AG|GA|AA)/u

Merci, ta regexp marche par contre avec $value il ne m'affiche que la première chaîne trouvée... comment faire pour qu'il les mette toutes en sachant que je ne sais pas forcément combien il y en aura ?

(Voici mon code)

t'as une chaine complète pour que je puisse tester

CCCAUGGGGGGGGGGUAGCCCAUGAAAAAAAAAUGACCCAUGGGGGGGUAACCC

Voilà normalement tu obtiens 3 séquences et aucun C.

CCCAUGGGGGGGGGGUAGCCCAUGAAAAAAAAAUGACCCAUGGGGGGGUAACCC

Voilà normalement tu obtiens 3 séquences et aucun C.

$arn = 'CCCAUGGGGGGGGGGUAGCCCAUGAAAAAAAAAUGACCCAUGGGGGGGUAACCC';
preg_match_all('/AUG(?:[ACGU]{3}(?<!U(?:AG|GA|AA)))+U(?:AG|GA|AA)/u', $arn, $tableau);
foreach ($tableau[0] as $value)
{
    $orf = chunk_split($value, 3, ' ');
    echo "<br/><br/><div id='orf'><h1>ORF : </h1>ORF obtenus : $orf<br/><br/>";
}

Nan, ça m'affiche toujours que le premier orf... Ca vient pas du "$tableau (0)" .

J'ai oublié le "?"... Ca vient pas du $tableau(0) ? lol (Je mets pas des parenthèses dans mon code mais j'ai un mac donc je ne les ai pas sur mon clavier lol)

J'ai oublié le "?"... Ca vient pas du $tableau(0) ? lol (Je mets pas des parenthèses dans mon code mais j'ai un mac donc je ne les ai pas sur mon clavier lol)

fais un var_dump($tableau)

sinon pour les crochets faut faire shift-alt + parenthese

Raaaah mais j'ai toujours le même problème qui me tape sur le système !!

J'ai ce code là comme vous me l'avait dit : Mais avec $value : IL NE M'AFFICHE QUE LE PREMIER ORF QU'IL TROUVE !!
Sur ma séquence : CCCAUGGGGGGGGGGUAGCCCAUGAAAAAAAAAUGACCCAUGGGGGGGUAACCC
Il ne m'affiche que l'orf en rouge alors qu'il y en a deux autres après et qu'il les trouve puisqu'avec pint_r ($tableau) il me les affiche tous !!

faut pas mettre de ; apres le foreach

Ah oui merci !!

Bon ben là je crois que je vais arriver à la fin de mes problèmes, je n'ai plus que deux petites questions :

J'ai cette regexp là pour le start AUG et le stop UAG ou UGA ou UAA : '/AUG(?:[ACGU]{3}(?<!U(?:AG|GA|AA)))+U(?:AG|GA|AA)/u'
Par contre si le stop peut être : UGA ou AGA ou AGG que devient " !U(?:AG|GA|AA)))+U(?:AG|GA|AA) " ?

et ma dernière question : Comment puis-je obtenir la longueur de tous les orfs ? (La longueur de chacun des orfs additionnée)
Je sais que pour avoir la longueur d'une chaîne la fonction c'est strlen($chaine) mais si je fais strlen($value) je n'ai que la longueur du premier orf...

Exemple : La si je mets ensuite strlen($value) il va correspondre qu'a la longueur d'un seul orf non ?

J'ai cette regexp là pour le start AUG et le stop UAG ou UGA ou UAA : '/AUG(?:[ACGU]{3}(?<!U(?:AG|GA|AA)))+U(?:AG|GA|AA)/u'
Par contre si le stop peut être : UGA ou AGA ou AGG que devient " !U(?:AG|GA|AA)))+U(?:AG|GA|AA) " ?

ca serais comme ca
/AUG(?:[ACGU]{3}(?<!(?:UAG|AGA|AGG)))+(?:UAG|AGA|AGG)/u

et ma dernière question : Comment puis-je obtenir la longueur de tous les orfs ? (La longueur de chacun des orfs additionnée)
Je sais que pour avoir la longueur d'une chaîne la fonction c'est strlen($chaine) mais si je fais strlen($value) je n'ai que la longueur du premier orf...

Exemple :

Code : Tout sélectionner

foreach ($tableau[0] as &$value) { echo "$value"; }

La si je mets ensuite strlen($value) il va correspondre qu'a la longueur d'un seul orf non ?

2 solutions sois tu crees un valiable $compteur par exemple et tu addition les valeur

$compteur = 0;
foreach ($tableau[0] as &$value)
{
$compteur += strlen($value);
}

echo $compteur;

sois avec les fonctions de tableau

echo array_sum(array_map('strlen', $tableau[0]));