Pour faire simple :
tu as un fichier index.php ==> tout passe par ce fichier, tout action passe par ce fichier et ce fichier appelle le contrôleur de l'action en question
tu as un dossier controllers ==> donc celui qui gère tes actions (tout ce qui est php en gros)
tu as un dossier views ==> tout ce qui va s'afficher à l'utilisateur (pour faire simple le html)
et un dossier models ==> et la tout le SQL
C'est pas le plus simple.
Un script qu'on peut séparer en trois parties :
// requêtes SQL / lecture dans un fichier / lecture d'un flux
// ...
// on parle bien sûr de la partie modèle
// Traitement des données récupérées
// ...
// partie contrôleur
// Affichage des données
// ...
// partie vue