salut j ai fais la meme chose y a pas longtemps en faisant comme ca si ca peux t inspiré
$sql = 'LOAD DATA LOCAL INFILE \fichier.csv\' REPLACE INTO TABLE `tatable` CHARACTER SET LATIN1 FIELDS TERMINATED BY \';\'';
$result = mysql_query($sql);
Sinon tu peux lire le fichier avec glob et utiliser http://php.net/manual/en/function.str-getcsv.php pour avoir les infos de la ligne et les traiter comme tu le souhaite (si la 1ère solution ne te va pas ).