Les deux se valent.
PDO si tu veux avoir un système qui ne dépend pas du driver (si un jour tu passes de mysql à Oracle par exemple).
Ou bien mysqli si tu veux avoir un minimum de modification pour migrer ton code.
regarde aussi les fonctionnalités, par exemple mysqli ne permet pas les requêtes préparées avec des marquers nommé (:toto pas possible c'est forcément ?).
ensuite suivant ce avec quoi tu est le plus a l'aise : procédural, POO etc.
sinon peso une fois que tu as goutté à PDO tu garde