Pour le premier ça se complique, comment faire... j'ai besoin que ce soit en auto increment mais il faut obligatoirement que ce que j'insère lors de la création est un id = à 1 ?

Tu es donc condamné à errer dans l'espace intergalactique... c'est impossible !! (enfin à mon avis)
Tu choisis, soit c'est toi qui numérotes, soit c'est lui...

$req= mysql_query("CREATE TABLE if not exists bloom_pages2 (
`id` int(11) NOT NULL auto_increment,
  `nom` varchar(25) NOT NULL,
  `contenu` text NOT NULL,
  `nom_lien` varchar(50) NOT NULL,
  `pos_lien` int(11) NOT NULL,
  `visible` int(1) NOT NULL,
  `index` int(1) NOT NULL,
  PRIMARY KEY  (`id`)
)");

$req= mysql_query("INSERT INTO bloom_pages2 (id,nom,contenu,nom_lien,pos_lien,visible,index) VALUES ('','index','<h1>Bienvenue sur votre BloOm CMS !</h1><p>Ceci est votre page d'accueil. Connectez-vous pour administrer BloOm CMS !.</p>','Accueil','0','1','1')");

Pour le premier ça se complique, comment faire... j'ai besoin que ce soit en auto increment mais il faut obligatoirement que ce que j'insère lors de la création est un id = à 1 ?

Dans ton premier insert, ça m'étonnerais que tu puisses affecter l'id (sachant qu'il est auto-incrémenté)
[edit]
Et dans le second, tu définis 4 champs et tu injectes 5 valeurs...

[edit]
c'est donc bien la fatigue

$req= mysql_query("CREATE TABLE if not exists bloom_pages2 (
`id` int(11) NOT NULL auto_increment,
  `nom` varchar(25) NOT NULL,
  `contenu` text NOT NULL,
  `nom_lien` varchar(50) NOT NULL,
  `pos_lien` int(11) NOT NULL,
  `visible` int(1) NOT NULL,
  PRIMARY KEY  (`id`)
)");

$req= mysql_query("INSERT INTO bloom_pages2 (id,nom,contenu,nom_lien,pos_lien,visible) VALUES ('1','index','<h1>Bienvenue sur votre BloOm CMS !</h1><p>Ceci est votre page d'accueil. Connectez-vous pour administrer BloOm CMS !.</p>','Accueil','0','1')");

// CREATION TABLE CONFIG
$req= mysql_query("CREATE TABLE if not exists bloom_config2 (
`id` int(1) NOT NULL,
  `titre` varchar(50) NOT NULL,
  `description` varchar(250) NOT NULL,
  `motscles` varchar(250) NOT NULL,
  `css` text NOT NULL,
  PRIMARY KEY  (`id`)
)");

$req= mysql_query("INSERT INTO bloom_config2 (id,titre,description,motscles) VALUES ('1', 'BloOm CMS !', 'Le petit CMS simple et léger !', 'bloom,cms,xhtml,css,php', '/* Votre code CSS */')");