C'est bien cela halluciant
Merci pour tout encore une fois vous avez trouvez

Je viens d'ouvrir le même fichier de sortit avec notpadd++ sous windows et là l'alignement est complet, comment se fait-il qu'il soit bon sous windows et incorrect sous l'éditeur de texte de lunix

Il n'y aurait pas une option du genre "Retour à la ligne automatique" ?

Je suppose qu'il s'agit de la méthode regexp, je ne connais pas du tout, je vais essayé de l'intégrer.

Je viens d'ouvrir le même fichier de sortit avec notpadd++ sous windows et là l'alignement est complet, comment se fait-il qu'il soit bon sous windows et incorrect sous l'éditeur de texte de lunix

dois y avoir un poil plus simple mais en gros :

$data = file_get_contents('char.txt', FILE_TEXT);
$new  = preg_replace('/\s\b[A-Z\*-\s]{64,}\b/ue', "preg_replace('/\s/', null, '$0')", $data);

file_put_contents($file, $new, FILE_TEXT);

voila un morceau du fichier de depart



>gi|15130760|emb|CAC48161.1| pertactin [Bordetella pertussis]

MNMSLSRIVKAAPLRRTTLAMALGALGAAPAAHADWNNQSIVKTGERQHGIHIQGSDPGG

VRTASGTTIKVSGRQAQGILLENPAAELQFRNGSVTSSGQLSDDGIRRFLGTVTVKAGKL

VADHATLANVGDTWDDDGIALYVAGEQAQASIADSTLQGAGGVQIERGANVTVQRSAIVD

GGLHIGALQSLQPEDLPPSRVVLRDTNVTAVPASGAPAAVSVLGASELTLDGGHITGGRA

AGVAAMQGAVVHLQRATIRRGDAPAGGAVPGGAVPGGFGPGGFGPVLDGWYGVDVSGSSV

ELAQSIVEAPELGAAIRVGRGARVTVSGGSLSAPHGNVIET-GGARRFAPQAAPLSITLQ

AGAHAQGKALLYRVLPEPVKLTL-------------------------------------

------------------------------------------------------------

------------------------------------------------------------

------------------------------------------------------------

------------------------------------------------------------

---------------------------------------------------------



Normalement les tirets prennent l'espace d'une lettre. Sur un editeur de texte, le tout est donc aligné
Sur cette exemple le fichier sortit me retourne à la ligne au niveau du VIET-GGARR, tout le reste est aligné

en brut

>gi|15130760|emb|CAC48161.1| pertactin [Bordetella pertussis]
MNMSLSRIVKAAPLRRTTLAMALGALGAAPAAHADWNNQSIVKTGERQHGIHIQGSDPGGVRTASGTTIKVSGRQAQGILLENPAAELQFRNGSVTSSGQLSDDGIRRFLGTVTVKAGKLVADHATLANVGDTWDDDGIALYVAGEQAQASIADSTLQGAGGVQIERGANVTVQRSAIVDGGLHIGALQSLQPEDLPPSRVVLRDTNVTAVPASGAPAAVSVLGASELTLDGGHITGGRAAGVAAMQGAVVHLQRATIRRGDAPAGGAVPGGAVPGGFGPGGFGPVLDGWYGVDVSGSSVELAQSIVEAPELGAAIRVGRGARVTVSGGSLSAPHGNVIET-GGARRFAPQAAPLSITLQAGAHAQGKALLYRVLPEPVKLTL----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Voila les 3 premiere ligne de mon fichier de sortie, j'ai enlevé le FILE_IGNORE_NEW_LINES de "file" car il m'alligné ma sequence avec le titre : ">gi|15130760|emb|CAC48161.1| pertactin [Bordetella pertussis]"

Le "retour à la ligne", ce ne serait pas bêtement un problème de présentation ?

Tu peux nous donner le source de ce que tu obtiens ? (juste une ligne)

sinon, essaye d'ouvrir le fichier résultat avec un bon éditeur de texte, capable de t'afficher les caractères cachés (Notepad++ fait ça très bien sous Windows). Ca devrait te donner des indications...

je vois ce que tu veux dire, un methode avec des regexp serais plus adapter

Personne ne connaîtrait un moyen de le supprimer??

Je ne comprend pas , normalement avec tout ce qu'il y'a sur ce script, je ne devrai pas avoir de retour à la ligne. La plupart d'entre eux(retour à la ligne) ont été supprimé par rapport au fichier initial mais il en reste certains invisibles qui persistes.

Dans ce cas là

>gi|72539735|gb|AAZ74302.1| pertactin [Bordetella bronchiseptica]
SIVEAPELGAAIRVGRGARVTVSGGSLSAPHGNVIET-GARRFAPQAAPLSITLQAGAHAQGKALLYRVLPEPVKLTL-----------------------------------------------

Sur le fichier de base chaque sequences est étalé sur 12 lignes, je souhaiterai qu'elle soit alignée sur une seule ligne, avec ce script elle s'étallent sur 2 ou 3 lignes avec généralement des retours à la ligne au premier '-' rencontré

et tu voudrais que ca rend quoi ?

Je voi pas trop ce que tu veux dire... dsl peux-tu être plus explicite

met ton retour en balise [ code], pour voir ce que ca donne avec les espaces