<?php
unlink("./data/UPDATEDB.csv");
unlink("./data/database.csv");
rename("./data/UPDATEDB.TXT", "./data/UPDATEDB.csv");
$fichier = fopen("./data/UPDATEDB.csv", "r");
// ouvre le fichier à lire

$newfichier = fopen("./data/stock.csv", "w");
// crée le fichier cible s'il n'existe pas ou écrase s'il existe déjà
fclose($newfichier);

$newfichier = fopen("./data/stock.csv", "a");
// on le rouvre en mode ajout pour qu'il ecrive à la fin du fichier sans écraser

if ($fichier) {
    // Si le fichier s'ouvre bien
    while (($line = fgets($fichier)) !== false) {
	    // lecture ligne par ligne
$line = iconv("UTF-8", "ISO-8859-1", $line);

	$write_line = $write_line . $line;
	   // on ajoute la ligne à la variable tampon write_line

	if (strpos($write_line,"#<SEPARATOR>#") !== false) {
	   // si le tampon contient un séparateur alors on ecrit la ligne dans le nouveau fichier

 //##### decode base 64 #####		
$arr_decode = explode(";",$write_line);
		//découpe la ligne CSV et stocke dans tableau
		$i_count = 0;
		$write_line_decode = "";
		//initialise la variable count et la variable tampon
		foreach( $arr_decode as $str_to_decode) {
		//parcours chaque colonne et incrémente le compteur
		$i_count = $i_count + 1;
			//si le compteur arrive à la 35e colonne
			if($i_count = 35) {
				//convertion base64
				$str_to_decode = 
base64_decode($str_to_decode);
			}
			//on reconstitue la ligne en concaténant dans une variable intermédiaire
			$write_line_decode = $write_line_decode . $str_to_decode . ";";
		}

		$write_line = $write_line_decode;
		//Une fois la boucle finie - fin de la ligne, on reaffecte la valeur convertie à la variable de départ
	//##### decode base 64 #####


		fwrite($newfichier, $write_line . "\n");

	   // puis on réinitialise le tampon
		$write_line = "";

	} else {
	   // sinon rien on passe a la ligne suivante
	}
    }
    fclose($fichier);
    fclose($newfichier);
} else {
    // si le fichier ne s'ouvre pas
}
file_put_contents('./data/database.csv', file_get_contents('./data/format.csv') . file_get_contents('./data/stock.csv') );
 ?>

Cependant, je ne vois pas comment procéder dans le script PHP automatisé pour être exécuté quotidiennement.

Pour exécuter un script quotidinnement, il faut mettre en place ce qu'on appelle un cronjob (=une tache planifiée).
Rapproche toi de ton hébergeur pour qu'il t'indique comment faire.

Cependant, je ne vois pas comment procéder dans le script PHP automatisé pour être exécuté quotidiennement.

<?php
unlink("./data/UPDATEDB.csv");
unlink("./data/database.csv");
rename("./data/UPDATEDB.TXT", "./data/UPDATEDB.csv");
file_put_contents('./data/database.csv', file_get_contents('./data/format.csv') . file_get_contents('./data/UPDATEDB.csv') );
 ?>