En effet réinstaller un système parce qu'il y a du brin dans la configuration d'un logiciel c'est un peu fort. ^^
Pour tes bases de données "perdues" as-tu regardé dans le dossier data de mysql ?

En effet, réinstaller ne m'arrange pas trop !!!
Je suis désormais avec mysql 5.6.12 et j'ai un autre dossier mysql5.5.24 qui contient 2 fichiers: data avec les fameuses bdd et my.php et rien d'autre...
je vais essayer de déplacer voir ce qu'il se passe...

Si non, depuis hier j'ai une erreur un peut bizarre, je crée une erreur sur le chemin d'une fonction include() et l'erreur retournée est celle-ci:
Warning: include_once(): Failed opening 'application/classe/Routing.class.php' for inclusion (include_path='.;C:\wamp\bin\php\php5.4.16\PEAR') in C:\wamp\www\WSU-MVC\application\init.php on line 16

Alors c'est peut être moi qui n'avais jamais fait attention mais ce morceau m'intrique:
for inclusion (include_path='.;C:\wamp\bin\php\php5.4.16\PEAR') car justement il fait partie de mes soucis

Cela signifie que pour chercher à inclure un fichier il va regarder dans le dossier courant (le point) et s'il ne trouve pas il cherchera dans le dossier pear.
Vu le message je dirai que tu avais auparavant un include_path qui contenait : C:\wamp\www\WSU-MVC\
Tu peux modifier l'include_path par script php (set_include_path) pour le script courant ou bien modifier ton php.ini