le changement d'encodage de tes tables n'entrainera pas la modification des données déjà insérées. Il te faut insérer à nouveau tes données.
Peut être y a t il moyen de le faire avec un update ou une instruction spéciale mais je ne connais pas la solution
Récapitulatif :
Table, champs en utf-8
Avant de rapatrier des données, envoi d'une requete SET NAME utf8
Envoi d'un header via php spécifiant l'encodage
Enregistrement des fichier en utf8