Alors je vous propose plutôt des scripts qui implentent Growl (il me semble que c'est une fonctionnalité OSX, HyWaN confirmera). Je trouve très pratique pour afficher des messages. Ils peuvent perdurer, se cacher après un temps, etc...
Au hasard, un plugin jQuery, celui que j'utilise jusque la:
http://www.stanlemon.net/projects/jgrowl.html#samples
Mais avec une simple recherche google, avec "growl" et "javascript", vous devriez trouver votre bonheur.
C'est pas aussi bloquant qu'un alert() (qui ne devrait servir qu'a de vraies alertes), pas aussi invasif qu'une fenêtre modale, bref, un bien bel équilibre, excellent pour signifier des petites choses lors d'un développement.
Et si le mvc et les principes du dev. OO sont bien respectés, un paramètre permet de passer du développement en production, et vice-versa.